Фамилия Кирсаненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая исторически означала «сын» или «потомок». В основе лежит имя Кирсан — народная, просторечная форма церковного имени Хрисанф (от греческого «златоцветный»). Такое имя в крестьянской и казацкой среде было нередким, а суффикс -енко закрепился на Левобережной Украине в XVI–XVII веках, обозначая принадлежность к роду: Кирсаненко — буквально «маленький Кирсан» или «сын Кирсана».

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от более частых Ивановых и Петровых: имя Кирсан встречается в русских святцах, но в народной памяти оно прочно связано с героем романа Тургенева «Отцы и дети» — Евгением Базаровым и его другом Аркадием Кирсановым. Однако фамилия Кирсаненко не книжная и не литературная, а бытовая: её носители — потомки реального человека по имени Кирсан, жившего, скорее всего, в южнорусских или украинских губерниях.

По словообразовательной модели Кирсаненко стоит в одном ряду с фамилиями Гриценко, Кириченко, Даниленко. Но если Гриценко и Кириченко образованы от полных форм канонических имён, то Кирсаненко — от уменьшительного или обиходного варианта. Это указывает на то, что предок был не из высшего сословия: дворяне редко носили фамилии на -енко, их чаще носили казаки, мещане и государственные крестьяне. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Кирсаненко встречаются преимущественно в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях.

Иногда фамилию путают с Кирсановым, но это разные типы: -ов указывает на великорусскую модель (чьи? — Кирсановы), а -енко — на малороссийскую. Встречается также вариант Кирсаненков — результат русификации при переезде в центральные области России. Такая трансформация типична: украинскую фамилию «подгоняли» под привычный русский суффикс, но в документах она могла сохраняться в обоих видах даже у одной семьи.

Сегодня Кирсаненко — фамилия немногочисленная, но стабильная. Её носители живут не только в Украине, но и в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в среде потомков украинских переселенцев на Дальнем Востоке. Поиск по архивам показывает, что в XVIII–XIX веках Кирсаненко часто были хлеборобами или казаками, реже — священниками. Фамилия не имеет отношения к тюркским корням, как иногда предполагают: всё объясняется просто — имя деда или отца.