Фамилия Кирсанин образована по редкой для русских фамилий модели — с суффиксом -анин. Этот суффикс чаще встречается в географических названиях (горожанин, рижанин), но в фамилиях он указывает на принадлежность к определённой местности или группе людей. В основе фамилии лежит имя Кирсан — народная форма крестильного имени Хрисанф (от греческого «златоцветный»). Таким образом, Кирсанин буквально означает «потомок или человек из рода Кирсана».

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев и -ин, форма на -анин встречается реже, что делает Кирсанина заметной на фоне однокоренных Кирсановых. Скорее всего, фамилия закрепилась в тех регионах, где была распространена модель образования от имени отца через суффикс -анин, — например, в северных и центральных губерниях России. Встречается она и в украинском контексте, где суффикс -анин мог указывать на жителя определённого села или хутора.

Поскольку основа фамилии — редкое имя Кирсан, а не распространённое ремесло или прозвище, предки носителя фамилии были, вероятно, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца или деда. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, возникшая в среде простых людей после отмены крепостного права, когда фамилии окончательно закрепились.

С точки зрения произношения и написания фамилия устойчива: ударение падает на последний слог (Кирсани́н), а окончание в косвенных падежах склоняется как существительное мужского рода — Кирсанина, Кирсанину и так далее. В документах XIX века могла встречаться вариация Кирсанинов — с дополнительным суффиксом, но основной вариант сохранился в более лаконичной форме.