Фамилия Кирцун — редкая и звучит не по-русски. Её основа указывает на западные или южные корни, а суффикс -ун выдаёт словообразовательную модель, характерную для украинской и белорусской ономастики. В этих языках суффикс -ун часто образует фамилии от прозвищ или названий профессий: он придаёт слову оттенок деятеля, носителя признака (ср. белорусские фамилии Крикун, Скакун, Говорун). Если бы фамилия была русской, скорее всего, она звучала бы как Кирцов или Киркин.

Самая вероятная основа — «кирка» (инструмент) или «кирха» (церковь). В первом случае прозвище Кирцун мог получить каменотёс, шахтёр или дорожный рабочий — человек, постоянно работающий киркой. Во втором — предок мог быть связан с кирхой, то есть лютеранским храмом: возможно, служил при нём или жил рядом. Слово «кирха» пришло из немецкого Kirche через польское посредство, и в западноукраинских и белорусских землях, где исторически было много немецких колонистов, такое прозвище было понятно.

Менее вероятная, но возможная версия — от восточноевропейского варианта имени Кир (греч. Kyros, «господин»). В польском и украинском языках имя могло дать производное Кирцо, Кирцусь, от которого через суффикс -ун и возникла фамилия. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ун редко крепится к личным именам, чаще — к нарицательным словам.

Географически фамилия Кирцун встречается преимущественно на западе Украины — в Львовской, Тернопольской и Ивано-Франковской областях, а также среди белорусов. В России она редка, и её носители, скорее всего, потомки переселенцев из этих регионов. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская: суффикс -ун в украинской традиции почти не использовался в шляхетских фамилиях, которые чаще заканчивались на -ский или -ович.

Таким образом, предки носителя фамилии Кирцун — скорее всего, западноукраинские или белорусские ремесленники, работавшие с киркой, или люди, жившие при лютеранской церкви. Фамилия сохранила старую профессиональную или топографическую метку, не изменившуюся за столетия.