Фамилию Кирдун стоит разбирать не с первого слога, а с корня — и это как раз тот случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище по занятию. Скорее всего, в его основе слово «кирд», которое в южнорусских говорах, особенно у казачества, означало общее стадо овец. Такое стадо собирали на артельных началах: несколько крестьян или «десятинщиков» — владельцев небольших отар — сгоняли овец вместе, чтобы пасти сообща, экономя силы и пастбища. Человек, который участвовал в таком объединении или, возможно, даже был его зачинщиком, и получал прозвище Кирдун. Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию или склонности (бегун, крикун, говорун), так что Кирдун — это буквально «тот, кто при кирде», участник общего овечьего стада.

Модель образования простая и архаичная: прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, что характерно для украинской и южнорусской традиции (сравните: Бондарь, Коваль, Швец). Это указывает на то, что фамилия могла оформиться именно в среде запорожского или донского казачества, где артельное овцеводство было распространено. Географически фамилия встречается в основном на юге России, в Ростовской области, на Кубани и в Ставрополье, а также на востоке Украины — что подтверждает связь с овцеводческими регионами.

Других версий происхождения, которые бы выдерживали проверку, немного. Связывать Кирдуна с тюркскими корнями (например, с «кыр» — поле или «кырды» — сломал) можно, но это будет натяжкой: суффикс -ун в фамилии работает по славянской словообразовательной модели, а не по тюркской. Так что версия с «кирдом» — стадом — самая прямая и лингвистически оправданная. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был не просто крестьянином, а человеком, который умел договариваться с соседями и вел хозяйство сообща.