Фамилия Кирпун — редкий пример, где основа прозвища уходит корнями в местное ремесло. Скорее всего, её образовали от нарицательного «кирпь» — так в ярославских говорах называли пучок трепаного льна. Само прозвище Кирпун могло относиться к «профессиональным» именованиям: так называли трепальщика, человека, который обрабатывал лён, отделяя волокно от костры.

Суффикс -ун в этой фамилии типичен для прозвищ, образованных от глаголов или имён существительных, и часто указывал на человека, склонного к определённому действию или занятию (ср. Болтун, Говорун). В случае с Кирпуном суффикс закрепил за носителем прозвище по роду деятельности: «тот, кто работает с кирпью». Это делает фамилию более конкретной, чем просто отвлечённое указание на внешность.

Впрочем, существует и другая версия, менее убедительная для данной фамилии. Она выводит основу от прилагательного «кирпатый» — в некоторых говорах «курносый». Если бы прозвище метило во внешность, ожидалась бы форма вроде Кирпатов или Кирпач, а суффикс -ун в таком контексте почти не встречается. Поэтому ремесленная версия выглядит правдоподобнее.

Фамилия Кирпун — типично восточнославянская, с нулевой фамильной флексией, что характерно для украинских и южнорусских фамилий (ср. Шевченко, Гончар). Встречается она нечасто, и география её бытования может подсказать, где именно предки носителя занимались льноводством или трепанием льна — скорее всего, на севере и северо-востоке России, в Ярославской или соседних областях.