Фамилия Кирсун — редкая и композиционно прозрачная, хотя её корень неочевиден. Она образована по распространённой восточнославянской модели: к основе прибавлен суффикс -ун, который в русских фамилиях чаще всего указывает на прозвище по действию или характерному признаку (ср. Болтун, Молчун, Крикун). В данном случае основа «кирс-» может восходить к тюркскому или финно-угорскому слову.

Самая правдоподобная версия связывает Кирсуна с тюркским именем или прозвищем Кирса, которое, в свою очередь, могло произойти от слова «кырс» — «острый» или «резкий» (в некоторых тюркских языках). В русских говорах слово «кирс» или «кирса» встречается редко, но фиксируется как диалектное название грубой ткани (мешковины) или, в некоторых областях, как прозвище человека с жёстким, «колючим» характером. Таким образом, Кирсун — это, скорее всего, человек, которого прозвали за что-то острое, резкое или за привычку носить одежду из кирсы.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом — названием реки Кирса (приток Вятки) или населённого пункта Кирс (город в Кировской области). В этом случае фамилия могла указывать на выходца из тех мест: «кирсун» — житель с Кирсы. Однако суффикс -ун в географических прозвищах нехарактерен для русского языка (обычно -ец, -як, -ич), поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия Кирсун не имеет дворянского или книжного происхождения — она бытовала в крестьянской и мещанской среде, преимущественно на северо-востоке европейской части России (Вятская, Пермская губернии). Встречается и на Украине, где -ун — продуктивный фамильный суффикс, но там основа могла быть иной (например, от «кирсати» — скрипеть). Судя по редкости, фамилия никогда не была массовой и сохранилась в локальных гнёздах, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.