Фамилия Кистенёв происходит от прозвища Кистень. В основе лежит название старинного боевого оружия — кистеня: короткой палки с подвешенным на ремне или цепи металлическим шаром и петлей для руки. Такое оружие было распространено на Руси и в странах Востока. Прозвище могли дать человеку, который либо сам изготовлял кистени, либо умело с ними обращался, либо отличался крутым и тяжелым нравом, как удар этим оружием.

Есть и другая версия: украинское слово «кiсть» означает «кость». Тогда Кистенем могли прозвать очень худого, костистого человека или же костоправа — народного лекаря, который вправлял вывихи и лечил переломы. Какая из версий верна для конкретной семьи, теперь уже не установить, но обе имеют право на существование.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или ц. В данном случае суффикс встал после основы на -нь, дав форму Кистенёв. Это типичная патронимическая фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть сын, потомок Кистеня.

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии оно падает на последний слог — Кистенёв. В исходном прозвище Ки́стень ударение на первом слоге, но фамилия сместила его по распространенной модели (ср. Кóнь — Конёв). Фамилия редкая, в больших справочниках встречается нечасто, но географически привязана в основном к центральным и южным областям России. Однокоренных фамилий, например Кистенев или Кистень, практически нет — это делает Кистенёва заметным исключением.