Фамилия Киструль — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка не связано с русским языком, искать корни стоит в другом направлении, скорее всего — в молдавском или румынском.

В румынском и молдавском языках есть слово «chistru» или «chistrul», которое в диалектах означает «хворост», «сухие ветки», «мелкий кустарник». Человек мог получить прозвище Киструл (в русской записи — Киструль) за место жительства — в зарослях кустарника, или за род занятий: сборщик хвороста, плетельщик корзин из лозы. Суффикс «-ул» в румынском — это определённый артикль, то есть «Киструл» буквально значит «тот самый хворост», а в прозвище — «живущий у кустов». Фамилия могла быть записана на слух как Киструль, когда носитель переехал в русскоязычную среду.

Версия происхождения от названия реки или местности также правдоподобна. В Молдове и на юго-западе Украины встречаются топонимы, в основе которых лежит тот же корень. Например, село Киструга. В таком случае фамилия указывает на выходца из определённого места.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским диалектным словом «кистрити» — «быстро двигаться», «суетиться». Тогда прозвище Киструль мог получить непоседливый, вертлявый человек. Однако географически фамилия тяготеет к Бессарабии и Приднестровью, что поддерживает первую, молдовскую версию.

Фамилия не имеет в составе типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что говорит о её позднем закреплении в русском языке. Носители Киструль — это, скорее всего, потомки молдавских или украинских крестьян, переселившихся в центральные губернии России или на Кубань в XIX–XX веках. Встречается фамилия крайне редко, в основном на юге России и в Молдове.