Фамилия Кистяев — одна из тех, чья основа угадывается не сразу. В ней нет очевидного «кисть» в значении руки: корень здесь, скорее всего, связан с уменьшительным «кисть» — то есть маленькая кисть, кисточка. В старину так называли не только малярную кисть, но и пучок ниток, бахрому, а в переносном смысле — что-то мелкое, свисающее или торчащее. Отсюда же пошли прозвища Кисть, Кистяй — для человека с необычной прической, бородкой или, возможно, щеголя, любившего кисточки на одежде.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кистяев — сын Кистяя. Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий или шипящий звук (Кистяй). Такая модель была распространена повсеместно, но особенно часто встречалась в центральных и северных губерниях России.

Спорных версий немного. Можно предположить связь с диалектным «кистень» (ударное оружие), но это далеко и фонетически, и по смыслу. Более правдоподобна версия, что Кистяй — прозвище от глагола «кистеть» (в некоторых говорах — болтаться, мотаться), что давало бы образ непоседливого или неуклюжего человека. Однако основная гипотеза с «кисточкой» остается самой экономной и подтверждается типичными прозвищными моделями XVII–XVIII веков.

В отличие от фамилий на -ский, Кистяев — чисто прозвищная, а не топонимическая фамилия. Она не указывает на место, а рисует портрет предка. Среди однокоренных встречаются Кистенев, Кистин, Кистяков — все они образованы от разных форм одного корня, но Кистяев стоит особняком благодаря суффиксу -яй, который в русских прозвищах часто придавал оттенок ласкательности или иронии.

Социальный состав носителей был разнородным: фамилия встречается и у крестьян, и у мещан, и у духовенства. В документах XIX века Кистяевы фиксируются в Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниях — регионы, где активно бытовали прозвища на -яй. Так что, скорее всего, предок нынешних Кистяевых был не просто обладателем кисточки, а человеком, которого за эту деталь запомнили и прозвали.