Фамилия Китанина образована от прозвища Китаня, и у этого прозвища как минимум два возможных объяснения. Первое — профессиональное. В русских говорах «китана» означала «стебель, трава повойного и долгоствольного растения», а «кита» — «свитый кольцом сенной вьюк, который конница приторачивает к седлу». Китаней могли называть мастера, который вил веревки из такой травы, — их, кстати, использовали и для подвязки лаптей. В этом случае прозвище указывает на род занятий основателя фамилии.

Второе объяснение — мирское имя. До введения обязательных фамилий на Руси были распространены имена-обереги, взятые от названий растений или животных. Давая младенцу имя Китаня, родители могли надеяться, что природа примет ребёнка как своего и передаст ему полезные качества, которыми наделено это растение. Со временем потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Китанина.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Китан» добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Китани»). В русской ономастике суффикс -ин типичен для фамилий, произошедших от слов с окончанием на -а или -я, и это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных областях России. Географически фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одного конкретного рода.