Фамилия Китугина — женская форма фамилии Китугин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «Китуг-» не похожа на типичное русское слово, что сразу заставляет искать либо иноязычные корни, либо сильно искажённое диалектное прозвище.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Китуга. В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «китуга» могло означать нечто крупное, громоздкое или неуклюжее — например, так называли большую рыбину (от «кит») или, в переносном смысле, медлительного, тяжёлого на подъём человека. Суффикс -уг- (-юг-) в русских фамилиях и прозвищах встречается редко, но он характерен для слов с экспрессивной, часто пренебрежительной окраской (ср. «зверюга», «хапуга»). Таким образом, Китуга — это прозвище по внешности или характеру.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «кит» или «кыт» означает «часть», «кусок», а суффикс -уг мог быть адаптирован русским окончанием. Однако фамилия не выглядит типично татарской или башкирской (там чаще встречаются формы на -ов/-ев от имён на согласный).

Фамилия Китугин — редкая. Её география, по данным открытых источников, тяготеет к Поволжью и Уралу, что косвенно подтверждает версию о диалектном русском происхождении: именно в этих регионах фиксируются нестандартные прозвищные формы. Важно, что фамилия образована по продуктивной модели «прозвище на -а + суффикс принадлежности -ин», то есть буквально «чей? — Китугин», «сын или потомок Китуги».

В написании «Китугина» ударение, скорее всего, падает на второй слог (Ки-ту́-ги-на), хотя в бытовой речи возможны варианты. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — это крестьянское или мещанское прозвище, закрепившееся в документах при переписях населения в XVIII–XIX веках.