Фамилия Клениина — женская форма, мужская будет Кленииин. Это редкий случай, когда фамилия образована не от полного имени или профессии, а от прозвища или имени, заканчивающегося на -ей, что и дало двойное «и» в корне. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь Клении.

Исходное имя или прозвище Кления — это, вероятнее всего, народная, разговорная форма канонического имени Клеоник (от греч. «клеос» — слава и «нике» — победа). В русском языке такие имена часто усекались и обрастали просторечными окончаниями: Клеоник превращался в Кленю, Кленюху, а от них уже шли фамилии. Другая, менее распространённая версия — связь с растением клён. Прозвище Клён или Кленя могли дать человеку с кленовыми кудрями, по занятию (кленовый сок, древесина) или по месту жительства у кленовой рощи. Но фамилии от названий деревьев обычно звучат как Кленов, Кленин, а форма Кленииин — редкая и тяготеет именно к личному имени.

Географически фамилия Клениина встречается точечно, в основном в центральных и северных областях России (Вологодская, Костромская, Кировская области). В этих краях до XX века была жива традиция бытовых, нецерковных имён, которые и дали начало таким нестандартным фамилиям.

Написание с двойным «и» — ключевая особенность. Если бы фамилия происходила от слова «клен», она писалась бы Кленина. Двойное «и» однозначно указывает на имя Кления. В документах XIX века можно встретить варианты Клениин и даже Кленіин, но современная орфография закрепила форму с двумя «и». Носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей, прозвище которых закрепилось в качестве родового имени без изменений.