Фамилия Клибанов происходит от прозвища Клебан. В старой Белоруссии так называли католического священника — слово пришло из литовского языка (kunigas klebonas). Вторая версия тоже отсылает к литовскому, но уже к слову klevas — «клён». Согласно этой гипотезе, прозвище мог получить человек, живший у кленовой рощи.

Обе версии имеют право на существование, хотя первая кажется более убедительной: прозвища по роду занятий встречаются чаще, чем по месту жительства. Форма Клибанов — результат адаптации исходного Клебанов, где безударное «е» перешло в «и» под влиянием аканья или просторечного произношения. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Клебана».

Фамилия редкая, сосредоточена в основном в западных регионах России и в Белоруссии, что подтверждает её балтийские корни. Встречается также у еврейских семей, но в этом случае основа иная — от местечка Клибаны или от идишского прозвища. Однако для русской фамилии Клибанов литовская этимология остаётся основной.