Фамилия Клинниковы (в мужском роде — Клинников) образована от прозвища или нецерковного имени Клинник. В основе лежит слово «клинник», у которого было несколько значений в народной речи. В одних говорах так называли женский сарафан с большим количеством вставных клиньев — пышный, расширяющийся книзу. В этом случае прозвище Клинник мог получить либо портной, шивший такие сарафаны, либо человек, который постоянно носил одежду подобного покроя и выделялся этим.

Другая версия отсылает к диалектному названию растения амарант — «клинник». Давая ребёнку «растительное» имя Клинник, родители следовали древней традиции: считалось, что так природа примет младенца как своего и передаст ему свои качества — в данном случае, возможно, жизненную силу и яркость, которые приписывались амаранту.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов: Клинник → Клинников, то есть «сын Клинника». Такая модель закрепилась в большинстве регионов России, поэтому определить точную географию фамилии только по её форме сложно. Однако можно предположить, что корни фамилии лежат в северных или центральных областях, где слово «клинник» в значении «сарафан» было особенно распространено.

Как и многие русские фамилии, Клинниковы не принадлежали какому-то одному сословию: носители фамилии могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и мещанами. В архивных записях фамилия встречается с XVIII века, но из-за длительности процесса формирования фамилий у разных слоёв населения точную дату её возникновения назвать невозможно.