Фамилия Клочнева — женская форма от Клочнев, а в её основе лежит прозвище Клочень. В русской традиции фамилии на -ев/-ов образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на согласный, поэтому Клочень превратился в Клочнев, а от него уже пошла женская форма.

Самая конкретная версия связывает прозвище Клочень с насекомым. Клочень — это восковая моль, сотовая тля, которая живёт в ульях, поедает соты и губит пчёл. Прозвище могли дать пчеловоду, чья работа заключалась в борьбе с этим вредителем — например, окуривании рамок серой. Это редкий и точный случай, когда прозвище указывает не на род занятий в целом, а на конкретную, почти профессиональную специализацию внутри ремесла.

Есть и другая, более широкая версия — от слова «клок» (кусок, пучок, вырванная часть). Однако прозвище могло возникнуть не от самого предмета, а от глагольных выражений. В русских говорах «клочить» означало и «мотать, сорить деньги», и «ходить нечесаным» (от «клочить волос»), и даже «ловить рыбу на клок» — особый способ, когда рыбу приманивают звуком. Каждое из этих значений могло стать основой для прозвища, но в отличие от «пчеловодной» версии, они менее конкретны и оставляют больше простора для догадок.

С точки зрения словообразования, суффикс -ев указывает на принадлежность: Клочнев — сын Клочня (или Клоченя). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская, что типично для прозвищ, образованных от названий насекомых или бытовых действий. Географически она встречается в центральных и южных регионах России, где пчеловодство было традиционным промыслом, что косвенно подтверждает первую версию.

Таким образом, если выбирать из двух объяснений, то версия с пчеловодом и восковой молью выглядит и более редкой, и более правдоподобной — она объясняет, зачем человеку понадобилось прозвище, связанное с вредным насекомым.