Фамилия Клочухина — женская форма, мужская — Клочухин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Клочуха. Разберёмся, что оно могло значить.

Слово «клочуха» в русских говорах имеет несколько значений, и все они связаны с бытом или характером человека. В словаре Владимира Даля «клочуха» — это «клок, охлопок, пук» (например, пакли, шерсти или сена). Отсюда прозвище могли дать человеку с неряшливой, взлохмаченной шевелюрой или тому, кто ходил в рваной, «клочковатой» одежде. В северных и сибирских говорах «клочухой» называли также лохматую собаку или шапку-ушанку — это ещё один возможный источник прозвища.

Вторая версия, менее очевидная: «клочуха» могла быть производным от глагола «клочить» — «приставать с просьбами, докучать, клянчить». В этом случае фамилия указывала бы на назойливого, надоедливого человека. Такая семантика вполне обычна для русских прозвищ: они часто фиксировали не внешность, а манеру поведения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клочухин — «сын Клочухи». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. По сословному составу фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища с бытовой, порой сниженной семантикой редко закреплялись за дворянскими родами.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, но с очень низкой частотностью. Это не фамилия «известных носителей» — в энциклопедиях и справочниках она не засвечена, что только подтверждает её происхождение из простонародной среды, где прозвище жило в устной речи и лишь потом закрепилось в документах.