Фамилия Клопота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «застывшая» форма прозвища: человеку дали имя Клопота, и оно закрепилось за его потомками. Такое встречается в основном в украинской и белорусской традициях, где фамилии часто оканчиваются на -а, -о, -ий.

Основа фамилии — древнерусское слово «клопотати», то есть хлопотать, суетиться, беспокоиться. Клопотой на Руси называли человека деятельного, хлопотливого, вечно занятого делами. В отличие от однокоренного «хлопотун», слово «клопота» звучит нейтральнее: это не суетливый болтун, а скорее тот, кто берёт на себя заботы, хлопочет по хозяйству или по службе. В говорах встречалось и значение «человек, который добивается своего через просьбы и хлопоты».

Словообразовательная модель проста: от глагольной основы отсекли суффикс и оставили чистый корень с окончанием -а. Родственные фамилии — Клопотов, Клопотенко, Клопотюк — встречаются чаще, но Клопота сохранила архаичную форму. Если Клопотов — это «сын Клопота», то Клопота — это сам родоначальник.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: чаще всего её носители встречаются в Беларуси, на Смоленщине и в Черниговской области Украины. В центральной России она редка, что подтверждает её юго-западное происхождение. В польском языке есть слово «kłopot» — хлопоты, неприятности, но в русской традиции у фамилии нет негативного оттенка, скорее бытовой.

Сословная принадлежность предков неясна: Клопотой могли назвать и крестьянина, хлопочущего по хозяйству, и мелкого служилого человека, занятого бумажными хлопотами. В документах XVII–XVIII веков фамилия не встречается среди дворянских родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение.