Фамилия Клопотовы образована от личного прозвища Клопот, которое, скорее всего, дали человеку с определенным складом характера. Основа здесь — украинское слово «клопотати», что значит «тревожить», «хлопотать», «суетиться». Поэтому прозвище могло описывать как сварливого и беспокойного человека, так и, наоборот, заботливого, старательного хлопотуна. В обоих случаях значение сводится к «тому, кто создает или переживает хлопоты».

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе «Клопот-» добавили суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Клопота). Так потомки человека с прозвищем Клопот стали Клопотовыми. Интересно, что в русском языке есть и слово «клопот» (забота, хлопоты), но фамилия чаще связывается именно с украинским глаголом — это указывает на возможное южнорусское или украинское происхождение рода.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий, с XV по XIX век. В документах фамилия встречается нечасто, что говорит о ее сравнительной редкости. В отличие от фамилий, образованных от имен или профессий, Клопотовы сохранили в основе живую характеристику предка — его прозвище, данное за поведение или привычку. Это делает фамилию не просто родовым именем, а маленьким портретом из прошлого.