Фамилия Клопотов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Клопот восходит к украинскому слову «клопотати» - «тревожить». Вероятно, так называли суетливого, беспокойного или сварливого человека, возможно, заботливого, старательного. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клопот, со временем получил фамилию Клопотов. О точном месте и времени возникновения фамилии Клопотов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Клопотов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.