Фамилия Клопотий — редкий пример, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а глагольная форма со значением действия. Корень здесь — «клопот-» от слова «клопот» (хлопоты, заботы, суета), которое в диалектах и в старой литературе означало «беспокойство, хлопотливое занятие». Фамилия образована по продуктивной модели отглагольных прилагательных на -ий: так же, как, скажем, «ходячий» или «рабочий». Клопотий — буквально «тот, кто клопочет», то есть хлопотун, суетливый, заботливый человек.

Суффикс -ий в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он закреплялся за прозвищами, которые со временем переходили в наследственные именования. В отличие от массовых -ов и -ин, фамилии на -ий (типа Божий, Третий, Косой) часто оставались без суффиксального оформления и могли застыть в форме прилагательного. Клопотий — как раз такой случай: прозвище Клопотий дали человеку, который всё время был в делах, не сидел без работы, возможно, даже суетился сверх меры.

В украинской и белорусской среде слово «клопот» звучало как «клопіт», и фамилия могла писаться как Клопотій. В русских говорах встречаются варианты Клопотов, Клопотнин, но форма Клопотий — самая архаичная, прямо отсылающая к древнерусскому прозвищу. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям: Курская, Брянская, Смоленская губернии, а также к Украине.

Есть версия, что в основе может лежать не «клопот», а «клоп» — насекомое. Но словообразовательный разбор этому противоречит: суффикс -отий нехарактерен для названий животных (ср. Клопов, Клопин, но не Клопотий). Гораздо правдоподобнее, что перед нами диалектный глагол «клопотать» — хлопотать, заботиться, суетиться. В словаре Даля зафиксировано: «клопотать — хлопотать, суетиться, беспокоиться». Так что предок носителя фамилии Клопотий был, скорее всего, человеком деятельным, возможно, домовитым хозяином или тем, на ком держалось хозяйство.

В документах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. В ревизских сказках XIX века можно найти единичные упоминания в Воронежской и Черниговской губерниях. Носители, как правило, были крестьянами или мещанами — сословиями, где прозвища закреплялись по поведению и бытовым чертам.