Фамилия Клопотов образована от прозвища Клопот. В его основе лежит украинский глагол «клопотати» — «тревожить, хлопотать, заботиться». Прозвище могли дать человеку по-разному: либо суетливому и беспокойному, либо сварливому и надоедливому, а возможно, наоборот — заботливому и старательному хозяину. Такая двойственность значения типична для прозвищ, которые описывали характер или поведение.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Клопот- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилии на -ов обычно указывали на потомка: Клопотов буквально означает «сын Клопота». Это одна из самых массовых моделей русских фамилий, но здесь интересна именно украинская основа, что говорит о возможных корнях рода в южнорусских или малороссийских землях.

Фамилия Клопотов — нечастый случай, когда прозвище могло нести и положительный, и отрицательный оттенок. В отличие от многих «характерологических» фамилий (например, Злобин или Добрынин), здесь оценка зависела от контекста: назвать человека «клопотом» могли и с укором за суету, и с уважением за усердие. В словарях русских фамилий (в частности, в работах Б. Унбегауна) эта модель разбирается как типичная для прозвищ, описывающих поведение.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине. Вариантов написания немного: Клопотов — единственная распространённая форма, без суффикса -ин или -ский. Это дополнительно указывает на бытовое, а не служебное или географическое происхождение.

Таким образом, предки современных Клопотовых — люди, которых в округе знали по яркой черте характера: либо как хлопотливых тружеников, либо как беспокойных задир. Точное значение прозвища сегодня восстановить невозможно, но ясно одно — оно не было пустым звуком и точно отражало то, как человека воспринимали окружающие.