Фамилия Клопотюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк, которая характерна для западных регионов Украины, особенно Волыни, Подолья и Галичины. Суффикс -юк в украинской ономастике выполнял функцию, аналогичную русскому -ов/-ев: он указывал на родственную связь, чаще всего означал «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. Таким образом, Клопотюк — это «сын Клопота» или «человек из рода Клопота».

Основа фамилии — прозвище Клопот. В украинском языке слово «клопіт» означает «забота», «хлопоты», «беспокойство». Прозвище Клопот могли дать человеку беспокойному, суетливому, вечно занятому делами, либо тому, кто доставлял окружающим много хлопот. Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным «клопотати» — «хлопотать», «суетиться», что по сути возвращает нас к тому же значению.

Интересно, что в польском языке есть слово «kłopot» с тем же значением — «проблема», «затруднение». Учитывая историческое соседство и взаимовлияние украинских и польских земель, не исключено, что прозвище могло иметь и польские корни, особенно в районах бывшей Речи Посполитой. Однако оформление фамилии с типично украинским суффиксом -юк однозначно указывает на украинскую среду её возникновения.

Фамилия Клопотюк не относится к числу распространённых, но и не является уникальной. Её носители встречаются преимущественно на западе Украины, а также в диаспоре. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто закрепляли за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -юк формировались стихийно и раньше, в среде казачества и свободных крестьян, что указывает на более раннее происхождение — примерно XVI–XVII века.