Фамилия Клопотовский — из числа тех, что прямо указывают на характер или поведение предка. Её основа — прозвище Клопот, которое восходит к украинскому глаголу «клопотати», то есть «тревожить», «хлопотать», «суетиться». Так могли назвать человека суетливого и беспокойного, а возможно, наоборот — заботливого и старательного, того, кто постоянно в делах. Встречается и более резкое значение — сварливый, донимающий окружающих.

Модель образования фамилии типична для восточнославянских земель, особенно для территорий современной Украины и Белоруссии. Суффикс -ский (а также его вариант -цкий) изначально был показателем принадлежности к местности или роду, но в простонародной среде закрепился как маркер фамилии, перешедшей из прозвища. В случае Клопотовских добавление -ский произошло, скорее всего, уже после того, как род сменил регион проживания: прозвище Клопот превратилось в фамилию по польско-шляхетской модели, распространённой среди украинского и белорусского крестьянства и мещанства.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что в её основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а чистый глагольный корень со значением действия. Это сближает её с такими фамилиями, как Турботинский (от «турбота» — забота) или Журицкий (от «журитися» — печалиться). Все они возникли не на пустом месте, а как характеристика человека через его постоянное занятие или свойство натуры.

Встречается фамилия в основном в западных областях Украины, в Белоруссии и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах Клопотовские фигурируют как крестьяне и мещане, реже — как духовенство. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не значится, так что перед нами типичная народная фамилия, закрепившаяся за одним родом и не имеющая отношения к шляхетским привилегиям.