Фамилия Клопотовский образована от прозвища Клопот. Прозвище Клопот восходит к украинскому слову «клопотати», что в переводе на русский язык означает «тревожить». Вероятно, так называли суетливого, беспокойного или сварливого человека, возможно, заботливого, старательного. Со временем род Клопотовских переехал на территории Украины или Белоруссии, где и произошла трансформация фамилии путем добавления суффикса -ский.