Фамилия Клопот образована от аналогичного прозвища, которое восходит к украинскому слову «клопотати», что в переводе на русский язык означает «тревожить», «хлопотать», то есть . Вероятно, так называли непоседливого человека, возможно, заботливого, старательного. В украинском и белорусском языках прозвище могло превратиться в родовое именование без оформления каким-либо суффиксом. Так, в архивных документах записан Клопот Афанасий Матвеевич, родившийся в 1904 году в селе Капры Таврической губернии.