Фамилия Клопот — редкий случай, когда родовое имя совпало с прозвищем без добавочных суффиксов. В основе лежит украинский глагол «клопотати» — хлопотать, тревожить, суетиться. Так могли прозвать человека по двум разным причинам: либо он был заботливым и старательным, вечно в делах, либо, наоборот, беспокойным, суетливым, доставлявшим хлопоты окружающим.

Модель образования у фамилии нетипичная для русского именослова. В России большинство фамилий оформили суффиксами принадлежности (-ов, -ев, -ин) или принадлежности к местности (-ский). Здесь же прозвище перешло в фамилию напрямую, «голым» корнем. Такое чаще встречалось в украинской и белорусской традиции, где фамилии могли закрепиться без оформления. Поэтому Клопот — фамилия с выраженной западнорусской или малороссийской окраской.

В архивных записях встречается Клопот Афанасий Матвеевич 1904 года рождения из села Капры Таврической губернии. Таврическая губерния охватывала земли нынешней южной Украины и Крыма, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных и западных областей. Село Капры (позже — Капри, ныне в Херсонской области) — типичное место, где оседали выходцы с Правобережной Украины, что подтверждает украинские корни фамилии.

Сравните с однокоренными: Клопотенко (с украинским патронимическим суффиксом -енко, «сын Клопота»), Клопотов (с русским суффиксом принадлежности), Клопотюк (с западноукраинским -юк). Фамилия Клопот — самая краткая и, вероятно, самая старая форма среди этого гнезда. Она не удлинилась потомками, а сохранила исходное прозвище, которое когда-то дали одному человеку за его характер или образ жизни.