Фамилия Клопотовская — женская форма от Клопотовский, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был выходцем из села или деревни с названием вроде Клопотово, Клопотова или Клопот. Такие топонимы встречаются в России, Беларуси и на Украине, и их основа — слово «клопот» или диалектное «клопотать» (хлопотать, суетиться, усердно заниматься делом). То есть название поселения могло указывать на беспокойное, хлопотливое место, где жили люди, или на характер местности, требующей постоянных забот.

Суффикс -овск-/-евск- в фамилии типичен для польской и западнорусской традиции образования дворянских или шляхетских фамилий по названию владения. В Речи Посполитой такие фамилии часто закреплялись за мелкопоместной шляхтой, владевшей имением Клопотово. На восточнославянских землях, особенно на территории современной Украины и Беларуси, фамилии на -ский/-цкий могли получать и крестьяне, переселившиеся из другого села, — так обозначали, откуда человек родом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Клопот. В старину «клопотать» означало не только хлопотать, но и «беспокоить, докучать». Прозвище могли дать человеку суетливому, деятельному или тому, кто постоянно был в заботах. От такого прозвища сначала возникла бы фамилия Клопотов, а затем, при образовании притяжательной формы с суффиксом -ский, — Клопотовский.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. В XIX веке Клопотовские могли принадлежать к разным сословиям: от крестьян до мещан и мелкопоместных дворян. Точную сословную принадлежность конкретной ветви можно установить только по архивным документам, но вторая часть фамилии (-ский) не обязательно говорит о дворянстве — в народной среде она распространилась через переселенческие прозвища.