Фамилия Клопотовские — типичный пример того, как прозвище превратилось в наследственное родовое имя. В её основе лежит украинский глагол «клопотати» — тревожить, хлопотать, беспокоиться. Человек с прозвищем Клопот, скорее всего, был суетливым, хлопотливым или, напротив, чрезмерно заботливым и старательным. Это не бранное прозвище, а меткая бытовая характеристика, каких много среди славянских фамилий.

Словообразовательная модель фамилии двойная. Сначала появилась форма Клопотов — с типичным русским суффиксом -ов, который указывал на принадлежность: «сын Клопота». Затем, при переносе фамилии на западные земли (вероятнее всего, на территорию современной Украины или Белоруссии), к ней добавили польский по происхождению суффикс -ский. Такая перестройка фамилий — не редкость: шляхетский суффикс -ский считался более престижным и «благородным» в Речи Посполитой. Поэтому Клопотовские — это не исконная польская фамилия, а русская по корню, прошедшая адаптацию на западнорусских землях.

В отличие от многих фамилий на -ский, которые образовывались от географических названий (например, от названия деревни), Клопотовские ведут происхождение от личного прозвища. Это делает фамилию более редкой по модели образования: она не привязана к конкретному месту, а описывает характер предка. Суффикс -ский в данном случае выполняет не топонимическую, а социальную функцию — оформляет родовое имя по образцу дворянских фамилий.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс шёл несколько столетий, с XV по XVII век, когда прозвища постепенно закреплялись за потомками. Можно предположить, что первоначальный носитель прозвища Клопот жил в северных или центральных русских землях, а его потомки уже в XVI–XVII веках переселились в восточные воеводства Речи Посполитой, где фамилия и приобрела окончательную форму Клопотовские.