Фамилия Кляпинин — редкий пример, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская, но оформлена по классической русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Кляпинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кляпа или Кляпин. Но что стоит в корне?

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «кляп» или «кляпча» — так в некоторых диалектах называли нож, кинжал или короткий меч. В русских говорах слово «кляп» тоже есть, но означает оно палку, затычку или клин. Однако для прозвища «Кляпа» или «Кляпин» логичнее предположить связь с оружием: предок мог быть воином, оружейником или просто получить прозвище за острый язык или резкий характер — по аналогии с ножом.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — от диалектного «кляпина» (сутулый, сгорбленный человек) или от глагола «кляпить» (горбатиться). Но эта гипотеза слабая: в источниках по русской ономастике фамилии с таким корнем почти не встречаются, а тюркский след даёт больше оснований.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных справочниках и переписях она не фиксируется как распространённая дворянская или купеческая. Скорее всего, Кляпинины — это потомки служилых людей или казаков, которые контактировали с тюркским населением на южных границах Руси или в Поволжье. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась не в центральных великорусских землях (где чаще использовали -ов/-ев), а, возможно, в среде, где -ин был нормой — например, в рязанских, тульских или калужских краях.

Встречаются единичные упоминания Кляпининых в архивных записях XIX века по Тамбовской и Саратовской губерниям — это как раз те регионы, где тюркские заимствования в прозвищах были обычным делом. Сегодня фамилия остаётся штучной, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родственных гнёзд.