Фамилия Клыченковы — один из тех родовых имен, где исходное прозвище остается загадкой, но сама словообразовательная модель говорит о многом. В основе лежит прозвище Клыча, а суффикс -енков указывает на восточнославянское, скорее всего украинское или южнорусское, происхождение. Такая модель (основа на -а + суффикс -енко, затем русифицированное -енков) типична для фамилий, которые сформировались на территории современной Украины и Белгородской, Курской, Воронежской областей России, а затем распространились с переселенцами.

Само прозвище Клыча неоднозначно. Клык — слово многозначное в народной речи. Самая прямая версия — указание на внешность: обладатель крупных, выступающих зубов. Но в говорах «клыч» могло означать и «рыболовный крючок», и «багор», и «зацеп». Отсюда — профессиональное прозвище рыбака или того, кто работал с металлом: кузнеца, изготовлявшего крючья и багры, или плотника, использовавшего «клычи» (зацепы) для подъема бревен. Менее вероятна, но возможна связь с характером: в переносном смысле «клыкастый» — человек задиристый, цепкий, неуступчивый, «с клыками».

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает сузить круг. Фамилии Клыков, Клычков, Клычев встречаются чаще и обычно связываются или с зубами (клыками), или с тюркским словом «клыч» (меч, сабля). Клыченковы стоят особняком: суффикс -енков нехарактерен для тюркских заимствований, поэтому версия о «клыче-мече» для этой фамилии слабая. Правдоподобнее выглядит связь с исконно славянским промысловым или бытовым прозвищем.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно. Массовое закрепление фамилий с суффиксом -енков произошло в XVII–XVIII веках, когда украинские и южнорусские крестьянские роды получали официальные фамилии. Клыченковы, скорее всего, происходят из среды ремесленников или вольных крестьян южных окраин России. Окончательно прояснить историю рода можно только через архивные документы — ревизские сказки или метрические книги Курской, Харьковской или Воронежской губерний.