Фамилия Ключеня — редкий пример белорусско-украинской модели образования, где суффикс -еня (или -еня) не просто указывает на принадлежность, а часто несёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые буквально означают «чей-то сын», здесь мы видим форму, близкую к прозвищу: Ключеня — это буквально «маленький ключ» или «тот, кто с ключом». Основа фамилии — слово «ключ», которое в старину имело не только бытовое, но и социальное значение.

Наиболее вероятное объяснение — прозвище по должности. Ключником называли человека, ведавшего ключами от амбаров, погребов, сундуков с казной. В боярских и княжеских хозяйствах ключник был фигурой доверенной, почти управляющим. Однако суффикс -еня снижает пафос: Ключеня мог быть не главным ключником, а его помощником, подручным, молодым учеником. Вполне возможно, что так прозвали подростка или сына ключника, который носил за ним связку ключей. В белорусских говорах слово «ключ» также означало родник, источник, но для фамилии эта версия слабее: водный объект редко даёт прозвище с уменьшительным суффиксом.

Встречается фамилия в основном на территории современной Беларуси и в прилегающих областях Украины и Польши. В документах XVIII–XIX веков Ключеня фигурируют среди крестьян и мещан Минской, Гродненской и Волынской губерний. Сословно это почти всегда непривилегированные слои — что логично: ключником мог быть и холоп, и вольный слуга. Дворянской ветви с такой фамилией не зафиксировано: слишком прозрачна связь с ремеслом, а не с вотчиной.

Редкий суффикс делает фамилию легко узнаваемой. Если сравнивать с однокоренными: Ключников — типично русская фамилия на -ов, а Ключеня — более архаичная, «живая» форма, сохранившаяся в белорусском именослове. Иногда её путают с фамилией Ключень, но там суффикс -ень, а не -еня, и это другая словообразовательная модель. Носитель фамилии Ключеня может смело считать, что его предок был не просто хранителем ключей, а человеком, которого в округе называли ласково или пренебрежительно — «ключиком».