Фамилия Ключкова — женская форма фамилии Ключков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Ключок. В основе лежит слово «ключ». Самый прямой и распространённый вариант: родоначальник был ключником — человеком, ведавшим ключами от амбаров, кладовых, погребов. В боярских и княжеских хозяйствах ключник — должность ответственная и доверенная, нередко он заведовал всеми запасами и даже частью финансов. Поэтому прозвище Ключок могло закрепиться за расторопным и надёжным слугой.

Суффикс -ов в фамилии Ключков указывает на типичную русскую патронимическую модель XVI–XVII веков: «чей?» — «Ключков», то есть сын Ключка. Это одна из самых массовых моделей русских фамилий, что говорит о давнем бытовании имени Ключок в крестьянской и посадской среде. В отличие, скажем, от фамилии Ключарёв, где основа — «ключарь» (церковная должность), Ключков имеет более хозяйственный, бытовой оттенок.

Есть и менее очевидная версия: «ключ» в переносном смысле — источник, родник. Прозвище Ключок могли дать человеку, жившему у ключа (родника). Но в ономастических трудах (например, у Б. Унбегауна) предпочтение отдаётся профессиональному значению как более конкретному и типичному для прозвищ. В словаре В. Даля «ключ» в значении «родник» тоже фиксируется, но как прозвище Ключок чаще встречается в документах именно в связи с должностью.

Географически фамилия Ключков (и Ключкова) рассредоточена по всей центральной России, но заметно чаще встречается в бывших вотчинах крупных монастырей и боярских усадеб — там, где штат ключников был многочисленным. Встречаются локальные варианты с ударением на первый слог (КлЮчков) и на второй (КлючкОв), что может указывать на разные ветви рода. Однокоренные фамилии — Ключарёв, Ключников, Ключкин — все они из одного профессионального гнезда, но Ключков звучит как самая прямая и короткая форма прозвища.