Фамилия Клюнникова — женская форма фамилии Клюнников. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Клюнник, которое могло относиться к человеку с заметной особенностью — большим или загнутым носом. Дело в диалектном слове «клюн» или «клюня»: в некоторых русских говорах так называли нос, особенно длинный или крючковатый (сравните с «клюв»). Соответственно, Клюнником в народе прозвали носача.

Модель образования фамилии простая: прозвище Клюнник плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Получается Клюнников — «сын Клюнника», «из семьи Клюнника». Такая схема (прозвище + -ов) в XVI–XVII веках дала огромный пласт русских фамилий, прежде всего в среде крестьян и посадских людей. Аристократические и церковные фамилии чаще образовывались через -ский, здесь же мы видим массовый народный тип.

Интересно, что фамилия Клюнников встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывшей Вятской губернии и на Урале. Это косвенно указывает на диалектную основу: слово «клюн» именно там фиксируется в местных говорах. В южных и западных областях фамилия редка, что подтверждает её локальное происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с глаголом «клюнуть» в переносном смысле — «попасться на удочку», «обмануться». Тогда Клюнником могли назвать доверчивого, простоватого человека. Однако эта гипотеза слабее: для прозвищ по физическому признаку у нас есть прямая лексическая параллель (клюн = нос), а для поведенческой — нет устойчивого оборота в том же значении.

Таким образом, Клюнниковы — потомки человека, которого в своей деревне прозвали за нос. Фамилия недворянская, бытовая, и по ней можно судить о диалектной географии предков.