Фамилия Кныжова — женская форма фамилии Кныжов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Кныж. В русской ономастике это довольно редкий случай: основа фамилии не имеет очевидных параллелей с распространёнными словами, что делает её разбор особенно интересным.

Скорее всего, корень «кныж» восходит к диалектному или устаревшему слову. В южнорусских и украинских говорах «кныж» или «кныш» означало «птенец», «маленький», а также могло быть прозвищем невысокого или юркого человека. В польском языке есть слово «knyż» — «книжка», но маловероятно, что фамилия образована от него: суффикс -ов- типичен для русской модели, а не для польской. Более правдоподобна версия, что Кныж — это форма имени Кныш, которое в старину давали как охранительное прозвище (от «кныш» — «птенец», чтобы ребёнок рос здоровым). Либо же это прозвище от «кныжить» — так в некоторых регионах называли человека, который «кныжит», то есть скулит, ноет или ведёт себя капризно.

Суффикс -ов- в фамилии Кныжов (и, соответственно, окончание -а в женской форме) указывает на типичную русскую модель образования от имени или прозвища отца. То есть Кныжов — это «сын Кныжа». Фамилия не дворянская и не княжеская: такие прозвищные фамилии чаще всего принадлежали крестьянам, ремесленникам или служилым людям низших сословий. Географически фамилия Кныжова встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси и на Украине, что подтверждает её связь с диалектной лексикой этих регионов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кныжов стоит в одном ряду с Кнышевым, Кнышем, Кнышовым. Все они имеют одинаковую основу, но различаются суффиксами: -ев- (Кнышев) часто указывает на мягкую основу, а -ов- (Кныжов) — на твёрдую. Вариант с «ж» вместо «ш» может быть следствием местного произношения или записи в документах: в XIX веке писарь мог записать фамилию на слух, заменив «ш» на «ж» из-за аканья или диалектных особенностей. Таким образом, Кныжова — это редкая, но вполне объяснимая фамилия, корни которой уходят в народные прозвища, а не в книжную или церковную традицию.