Фамилия Кныжева — женская форма фамилии Кныжев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок. В основе фамилии лежит слово «кныж» — это диалектный вариант слова «книж» (от «книга»). В старых южнорусских и украинских говорах так называли грамотея, начётчика, человека, который умел читать и писать, или же того, кто имел дело с книгами — переписчика, учителя, дьячка. Не исключено, что прозвище Кныж могли дать и в насмешку: если человек был слишком серьёзным или, наоборот, притворялся учёным.

Суффикс «-ев» (в мужской форме Кныжев) указывает на принадлежность: «сын Кныжа» или «из рода Кныжа». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Интересно, что фамилия Кныжев, а значит и Кныжева, встречается в основном в регионах, где было сильно влияние украинского и южнорусского диалектов — на Слобожанщине, в Курской, Воронежской, Ростовской областях. Это подтверждает, что корень «кныж» — не севернорусский, а южный.

В украинском языке слово «книж» (кныж) имеет то же значение, и фамилия Кныж (без суффикса) там не редкость. В русском же варианте добавился суффикс «-ев», чтобы вписать прозвище в привычную модель отчества. Таким образом, Кныжева — это не просто книжная, а книжная по происхождению из южнорусской среды. В отличие от фамилии Книжников, которая прямо указывает на профессию, Кныжев могло быть и прозвищем, данным за любовь к чтению или за учёность, пусть даже не профессиональную.

Встречается и альтернативная версия: что «кныж» — это искажённое «князь» (через украинское «князь» — «книзь»). Но она менее убедительна: фонетический переход «ня» в «ны» нехарактерен для восточнославянских языков, а фамилии от «князь» обычно звучат как Князев, Князьков. Так что версия с книгой и грамотой остаётся основной.