Фамилия Кныжев — редкая и с неочевидным корнем. На первый взгляд она напоминает «Кнышев», но разница в одной букве меняет этимологию. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать основу «Кныж» и суффикс «-ев».

Самая вероятная версия отсылает к украинскому или белорусскому слову «книж» (или «кныж») — так в некоторых говорах называли книгу. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Кныжев — сын Кныжа, то есть «книжника». В старину книжником называли не просто грамотного человека, а писца, переписчика книг, дьячка при церкви или учителя. В среде, где грамотность была редкостью, такое прозвище выделяло человека и легко закреплялось за потомками. Фамилия могла возникнуть на западнорусских землях, где влияние польского и украинского языков сильнее, а «и» в произношении часто переходило в «ы».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «кныж» — так в некоторых регионах называли зазубрину, выемку или крюк. В этом случае прозвище Кныж могли дать человеку с характерной внешностью (например, с горбинкой на носу) или мастеру, работавшему с металлом и деревом. Однако эта гипотеза слабее: фамилий, образованных от названий инструментов или деталей, гораздо меньше, чем от названий занятий.

В русских фамилиях суффикс «-ев» типичен для основ на мягкий согласный или «й». Здесь же основа «Кныж» твёрдая, что для русского словообразования нетипично. Это косвенно подтверждает украинское или белорусское происхождение: в этих языках смягчение после шипящих работает иначе. Если бы фамилия формировалась в великорусских говорах, мы бы скорее увидели вариант «Кныжов» (как «Пирожков» или «Стрижов»). Сочетание «Кныжев» — маркер юго-западного ареала.

Однокоренных фамилий в России немного: «Кныж», «Кныженко» (украинский вариант), «Кныш» и «Кнышев» — последние уже от другого корня (кныш — вид пирога). Кныжев стоит особняком: его носители, скорее всего, потомки церковнослужителей или писарей из Малороссии или Беларуси. В сословном плане фамилия не указывает на дворянство, но и не крестьянская в чистом виде — грамота в те времена была привилегией духовенства и мещан.