Фамилия Кобьяков — одна из тех, где за привычным финалом -ов скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, она не связана с каким-либо «кобяком» — такого слова в русском языке нет. Её происхождение уходит в тюркские языки, что типично для многих старых русских фамилий, сформировавшихся в среде служилых людей и казачества.

В основе фамилии лежит тюркское имя Кобяк (или Кобек). В степных языках это слово могло означать «собака», но в переносном, одобрительном смысле — «верный», «преданный», как боевой пёс. У тюркских народов имена с таким значением давали мальчикам, желая воспитать в них стойкость и верность. Известно, что имя Кобяк носил половецкий хан, упоминаемый в «Слове о полку Игореве» (Кобяк Карлыевич). Это имя попало в древнерусскую антропонимию через контакты с кочевниками, а затем закрепилось в прозвищах и фамилиях.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кобяк добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Кобяка». То есть Кобьяков — буквально «потомок человека по имени Кобяк». Двойное «я» в корне — результат фонетических процессов: в разговорной речи имя Кобяк произносили с ударением на первый слог, а при образовании фамилии гласный «я» растянулся, закрепившись на письме. Встречается и более редкий вариант написания — Кобеяков, но Кобьяков — основная форма.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью. Наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Ростовской, Волгоградской областях и Краснодарском крае. Это косвенно указывает на казачьи или крестьянские корни: именно в этих регионах долго сохранялись архаичные тюркские имена, перешедшие в фамилии. Среди дворянства Кобьяковы не отмечены — фамилия осталась в простонародной среде.

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилию могли произносить с ударением на последний слог — Кобьяко́в, а не Кобья́ков. Это характерно для донских говоров, где ударение в фамилиях нередко смещалось под влиянием украинской фонетики. Однако литературная норма закрепила ударение на втором слоге — Кобья́ков.