Фамилия Кобяков — одна из тех, где за привычным русским окончанием -ов скрывается тюркская основа. Образована она по стандартной модели: к прозвищу или имени Кобяк добавили патронимический суффикс -ов, и получилось «сын Кобяка». Само прозвище Кобяк неоднозначно. По одной версии, в древнерусских говорах так называли колдуна или знахаря — человека, владеющего тайными знаниями. По другой, более убедительной с учётом истории рода, корень восходит к тюркскому «kobek» — «собака». В тюркской среде прозвища с таким значением давали не в обиду, а как оберег или как характеристику: мрачный, суровый, жёсткий нравом.

История Кобяковых хорошо документирована. Это старый русский дворянский род, корни которого — в великом княжестве Рязанском. Ранние представители рода были выходцами из Орды, скорее всего, перешли на русскую службу в конце XIV века. Уже в 1518 году Кобяковы получили дворянское звание, а позже род внесли в VI часть родословной книги Рязанской губернии — туда записывали только древние дворянские роды, чьё благородное происхождение доказывалось за сто лет до Петра I.

Интересная деталь: фамилия Кобяков не единственная в своём «гнезде». Однокоренные Кобяковы, Кобяковские и просто Кобяки встречаются в документах XVI–XVII веков, что говорит о распространённости прозвища в рязанских и южнорусских землях. Со временем прозвище, данное предку-ордынцу, закрепилось за его потомками и стало родовым именем.