Фамилия Кобыткин — один из тех случаев, когда за, казалось бы, знакомым корнем скрывается неочевидная история. Вопреки первому впечатлению, она не связана напрямую с лошадьми (кобыла). В основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Кобытка. В старину так могли называть человека маленького роста, щуплого или суетливого — слово «кобытка» в диалектах означало не только маленькую лошадку, но и насекомое, моль, а также непоседливого, вертлявого ребенка.

Словообразовательная модель типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей сын?» или «чей человек?». Кобыткин — буквально «сын Кобытки». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или животных, -ин закреплялся за основами на -а/-я, то есть за прозвищами и именами. Это делает фамилию более древней по типу: она фиксирует личное прозвище, а не ремесло.

Географически фамилия редкая и имеет выраженные очаги. По данным переписей, Кобыткины встречаются в основном в Вологодской, Архангельской областях и в бывших новгородских землях. Это регионы, где долго держалась традиция бытовых прозвищ, не вытесненных церковными именами. Встречается также вариант Коботкин — с чередованием ы/о, что отражает местное аканье или простонародное произношение.

Споров у этимологов почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с тюркским «кобут» (род войлока), но она слаба: для фамилии на -ин это означало бы профессиональное прозвище «войлочник», однако ни география, ни письменные источники XVII–XVIII веков её не подтверждают. Основная линия — прозвище Кобытка — остаётся общепринятой.

Интересно, что фамилия не попала в дворянские родословные книги: её носители почти поголовно были крестьянами или посадскими людьми. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне Кобыткины в Бежецкой пятине и на Ваге. То есть предок нынешних носителей — скорее всего, не конюх, а человек с прозвищем, которое дали за внешность или характер.