Фамилия Кочкуркин — одна из тех, что образована не от имени, а от прозвища, и корень её прозрачен, хотя и таит в себе неожиданный поворот. Основа «кочкур» напрямую связана со словом «кочка» — бугорок на болоте или сырой почве. В говорах «кочкарём» или «кочкуром» называли не только кочку, но и человека, который живёт на болотистой, кочковатой местности, либо того, кого прозвали за неровную походку или внешность, напоминающую кочку.

Модель образования типична для русских фамилий: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ин. Кочкур + -ин даёт Кочкуркин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Кочкура» или «из семьи Кочкура». Менее вероятно, но возможно, что прозвище Кочкур дали человеку с фамилией, оканчивающейся на -ко, — например, Кочко, а затем добавили -ур для благозвучия, но это уже домыслы.

В ономастической литературе фамилия нечастотна. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается, но встречается в региональных переписях, особенно в северных и центральных губерниях России — там, где болота и кочкарники были обычным ландшафтом. Встречаются однокоренные фамилии: Кочкин, Кочков, Кочкарев, Кочергин. Кочкуркин стоит особняком из-за суффикса -ур, который нехарактерен для стандартной русской антропонимии и может указывать на диалектное или даже финно-угорское влияние — в коми-пермяцких языках «кöч» означает «заяц», а «кур» — «кривой», но это лишь гипотеза без твёрдых доказательств.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Кочкур за место жительства или за особенности внешности. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её редкостью в дореволюционных родословных книгах. В советское и постсоветское время носители встречаются в Пермском крае, Удмуртии и Кировской области, что косвенно подтверждает связь с болотистыми землями Вятки и Прикамья.