Фамилия Коджа чаще всего указывает на социальный статус или род занятий предка. Её основа восходит к персидскому слову khodchah — «старец». На Востоке «коджа» было почётным титулом, который давали уважаемому купцу, доктору или учителю. Поэтому прозвище могло закрепиться либо за пожилым человеком, либо за тем, кто пользовался авторитетом в своей общине.

Есть и вторая версия: фамилия могла образоваться от персидского мужского имени Ходжа. В переводе оно означает «хозяин, владелец, господин», а также «обладающий большими знаниями, наставник, учитель». Чередование «к/х» на стыке культур — обычное дело: так фамилия адаптировалась к русскому произношению и письму, пройдя через процесс русификации.

Суффикс в фамилии отсутствует — перед нами чистая основа, что типично для фамилий тюркского или иранского происхождения, которые заносились в документы без дополнительных русских формантов. Географически фамилия Коджа встречается в регионах, где исторически были сильны связи с тюркским и персидским миром: в Крыму, на Северном Кавказе, в Закавказье и у народов Поволжья.

Таким образом, предки носителей фамилии Коджа могли быть либо уважаемыми старейшинами, либо людьми учёных или торговых профессий, чей статус был закреплён в прозвище.