Фамилия Коганкова — женская форма мужской фамилии Коганков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ков указывает на принадлежность: в русской традиции так образовывали фамилии от прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -ко или -ка. Основа здесь — «Коган», а суффикс -к- в мужском варианте (Коган + к + ов) — редкая деталь. Обычно фамилии на -ков возникали от имён вроде Федька → Федьков, но в случае с Коганковым исходное слово, скорее всего, не имя, а прозвище.

Самая прямая версия — связь с еврейской фамилией Коган (от коэн, потомок священнослужителей в иудаизме). В славянской среде, особенно на западе Российской империи, фамилию Коган могли русифицировать, добавив типичный суффикс -ков, чтобы адаптировать её к местной грамматике. Тогда Коганков — это «сын Когана» или «человек из семьи Коганов». Однако встречается и другая гипотеза: в некоторых говорах «коган» могло быть диалектным прозвищем — например, от тюркского коган (хан, властитель) или от глагола «коготать» (кричать, кудахтать), что дало бы прозвище крикливому человеку. Но эти версии менее обоснованы: для славянских фамилий характерны прозвища от птиц (Курочка, Петухов), а не от «коготать», и тюркская основа редка для фамилий на -ков.

Географически фамилия Коганков (и Коганкова) тяготеет к югу и западу России, а также к Украине и Белоруссии — регионам, где еврейское население было многочисленным, а фамилии часто адаптировали под местные модели. Встречается она нечасто, что говорит о её узком ареале или недавнем закреплении. Сословно предки могли быть мещанами или крестьянами — фамилии на -ков редко носили дворяне, если только не происходили от боярских родов (что для Коганкова маловероятно).

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коган, Коганов, Коганчик — показывает, что Коганков стоит особняком: суффикс -к- между корнем и -ов встречается реже, чем просто -ов (Коганов) или -ский (Коганский). Это может указывать на то, что фамилию дали не от готового имени «Коган», а от уменьшительной формы «Коганко» (в украинской или белорусской традиции). Если так, то Коганков — буквально «чей? — Коганков», то есть потомок человека по прозвищу Коганко. В любом случае, основа фамилии — не славянское имя, а заимствованное слово, которое вплелось в русскую ономастику через межэтнические контакты.