Фамилия Кохонов — одна из тех, что образована от мирского имени или прозвища, а не от крестильного церковного имени. В её основе лежит имя Кохон. Самое правдоподобное объяснение этого имени связано с украинским словом «кохан», что значит «любимый» или «баловень». Скорее всего, так называли долгожданного, единственного или особенно любимого ребёнка в семье.

Есть и другая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование. Слово «кохан» в некоторых говорах могло означать «любовник» или «мужчина, состоящий во внебрачной связи». Если это так, то прозвище мог получить человек, известный своей любвеобильностью. Однако первая версия — с «любимым ребёнком» — выглядит более убедительной и характерной для традиции давать ласковые внутрисемейные имена.

Фамилия Кохонов закрепилась в форме с суффиксом -ов, что типично для русского севера и центральных областей. Чередование гласных «о» и «а» в корне (Кохонов вместо возможного Каханов) объясняется влиянием окающих говоров, где в безударном положении произносится и пишется «о». Таким образом, носитель этой фамилии — потомок человека, которого в семье ласково называли Кохоном.