Фамилия Кокнаев образована от прозвища Кокнай. Оно ведет свое начало от названия реки Кокна (это древнее название реки Персе в Латвии). На этой реке располагается село Кокнесе (в русских летописях — Кукейнос), основанное в 13 веке. Сам гидроним дословно означает «несущий деревья». Вероятно, основатель фамилии Кокнаевых родился или жил на берегу реки Кокны или же в селе Кокнес. Согласно другой гипотезе, в основу прозвища легло эрзянское слова «koknai» - «заика». Вероятно, прозвище Кокнай указывало на особенности речи предка. В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Кокнаем. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кокнай, со временем получил фамилию Кокнаев.