Фамилия Кокнаев — редкий случай, когда у прозвища-основы есть как минимум две равноправные версии происхождения, и обе ведут в разные культурные и языковые миры. Первая гипотеза связывает прозвище Кокнай с географией: река Кокна (древнее название латвийской реки Персе) и село Кокнесе на ней. В русских летописях этот населённый пункт известен как Кукейнос, основанный ещё в XIII веке. Гидроним Кокна дословно переводят как «несущий деревья». Если принять эту версию, то основатель фамилии Кокнаевых — человек, который либо родился на берегах этой реки, либо жил в селе Кокнесе, а его прозвище закрепилось за потомками как указание на место жительства.

Вторая версия уводит нас в эрзянский язык, где слово «koknai» означает «заика». Прозвище Кокнай в таком случае указывало на особенность речи предка. В народной традиции имя-оберег с таким значением давали намеренно: считалось, что если назвать ребёнка «неблагозвучным» прозвищем, злые силы не позарятся на него, и он вырастет здоровым. Со временем прозвище Кокнай стало фамилией Кокнаев по стандартной русской модели: к основе на -ай добавили суффикс -ев (по правилу, если прозвище оканчивается на -ай, фамилия пишется через -ев, а не -ов).

Какая из версий правдоподобнее? Географическая гипотеза опирается на конкретный топоним и исторический контекст, но она объясняет лишь единичный случай: фамилия могла возникнуть у выходца из Латвии. Эрзянская версия шире — она связывает фамилию с финно-угорским субстратом, который часто давал прозвища по физическим признакам. Обе гипотезы имеют право на существование, но без точных генеалогических данных по конкретной семье выбрать одну из них невозможно.

Словообразовательно фамилия Кокнаев типична для русского ономастикона: суффикс -ев присоединён к основе Кокнай, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ с конечным -й. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным, и такая редкая фамилия, как Кокнаев, могла закрепиться в разных регионах независимо.