Фамилия Коковы образована от личного прозвища Кок, что характерно для распространенного типа русских фамилий. Основная версия происхождения прозвища связана с коми-пермяцким словом «кок» — «нога, ноги». В таком случае Коком могли прозвать быстроногого или длинноногого человека. Эта гипотеза выглядит наиболее убедительной, учитывая финно-угорское влияние на северные и уральские говоры.

Менее вероятно, что прозвище восходит к слову «кока» — так в старину называли крестную мать. Если принять эту версию, то Коком могли звать человека, которого воспитывала не родная, а крестная мать. Однако эта гипотеза слабее, поскольку прозвища по свойству обычно образовывались от названий самих родственников («дед», «баба»), а не от ласкательного обращения.

В словаре Владимира Даля находим и другие значения слова «кока»: яйцо, гостинец, детская нарядная рубашка. Исходя из этого, прозвище Кок мог получить ребенок, появлению которого родители были рады как подарку. В любом случае, потомок человека по прозвищу Кок со временем стал носить фамилию Коков.

Модель образования типична: к основе на твердый согласный прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Коков сын). По такой же схеме возникли фамилии Козлов, Петров, Волков. О точном месте и времени возникновения фамилии Коков говорить сложно — процесс формирования фамилий шел несколько столетий, с XV по XVII век. Географически фамилия тяготеет к северным и уральским регионам, где коми-пермяцкие заимствования встречались чаще.