Фамилия Коковина в своей основе имеет прозвище Кокова. Слово «кокова» в старину было многозначным: так называли набалдашник, резное украшение на коньке избы, деревянный молоток для разбивки комьев на пашне, а также дорожную палку с корнем. В тверских и новгородских говорах это слово означало «костыль» или «кочерга», в вологодских — кончик носа. Поэтому прозвище Кокова могли дать резчику по дереву, высокому и худощавому человеку или обладателю носа необычной формы. Есть и другая версия: в костромских говорах «кока» — это крестный отец, и прозвище могло быть усеченной формой от «коковёнок» (крестник).

Возможно, фамилия связана не с прозвищем, а с местом жительства. В Кировской области существуют деревни Коковихи, Коковино и Коковы — предок Коковиных мог быть выходцем из одного из этих селений.

Прозвище Кокова (и его вариант Коковка) фиксируется уже в XV–XVII веках. В исторических документах фамилия встречается с XVII столетия: в Вологде в 1634 году упоминается Андрей Коковин, в 1652-м — Федор Осипович Коковин. Позже носители фамилии появляются в Приуралье и Курганской области. Известен Иван Николаевич Коковин, который в 1838 году открыл в городе Кинешме Костромской губернии собственное дело. Позже оно превратилось в Торговый дом «Александра Коковина с сыновьями». Его наследниками стали вдова Александра Алексеевна и сыновья Иван (с 1909 года директор городского общественного банка в Кинешме), Николай и Василий. Так прозвище Кокова дало начало фамилии Коковина.