Фамилия Коковский образована по продуктивной модели с суффиксом -ск-/-цк-, который в восточнославянской традиции указывал на связь с местом или географическим объектом. В основе лежит топоним Коково, Коков или Кокова — такие названия встречаются в разных регионах: в Беларуси, на западе России и в Польше. Носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из одного из таких селений, либо его предок получил прозвище по месту жительства.

Корень «кок» многозначен. В русских говорах «кок» — это повар на судне (заимствование из голландского), но для фамилии эта версия маловероятна: топонимический суффикс -овск-/-евск- редко крепится к профессиональному прозвищу. Гораздо правдоподобнее связь с диалектным «кок» — кочка, холмик, возвышенность, а также с глаголом «кокать» (бить, стучать) или с уменьшительной формой имени Николай (Кока). В польском языке «kok» — это хохол, пучок волос, что тоже могло стать прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям. Модель на -овский типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой, но не стоит думать, что все Коковские — дворяне. В XIX веке такие фамилии массово закреплялись за бывшими крестьянами и мещанами при переписях, особенно на территории Витебской, Минской и Смоленской губерний.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коков, Кокин, Кокшаров — показывает, что Коковский стоит особняком: у него нет уменьшительного суффикса -ин или простого притяжательного -ов, а есть именно территориальная привязка. Это значит, что предок носителя фамилии не просто носил прозвище Кок, а жил в месте, которое так называлось. Вероятнее всего, исходное поселение Коково или Коково-Коковское существовало, но в современных справочниках не всегда отражено — многие мелкие деревни исчезли в XX веке.

Споров о значении фамилии немного. Основная конкурирующая версия — от фамилии Коковский как производной от имени Константин (через просторечную форму Кока). Но она слабее: для этого ожидалась бы форма Кокин или Коков, а не с суффиксом -ск-, который чётко маркирует географическое происхождение. Так что Коковский — это «тот, кто из Кокова».