Фамилия Кокоянин — редкая и бросающаяся в глаза. Ее главная особенность — необычный суффикс -янин, который в русских фамилиях встречается несравнимо реже, чем стандартные -ов, -ин или -ский. Этот суффикс в исконно русском контексте чаще указывает на принадлежность к месту: «крестьянин» (житель села), «римлянин», «египтянин». В фамилиях он давал прозвище, которое закреплялось за человеком, пришедшим из какой-то местности или города: например, фамилии Ржевский образована от названия города Ржев, а Кокоянин — от топонима Кокоя или производного от него.

Скорее всего, основа Кокоя — это либо название населенного пункта, либо прозвище человека. В русской ономастике известен топоним Кокоя (например, село в бывшей Тверской губернии), а также фамилия Кокорев, образованная от прозвища «кокора» (коряга, кривое дерево). Однако в данном случае «кокоя» может быть диалектным вариантом слова «кокош» или «кокша» — так в некоторых говорах называли курицу-наседку, а также человека с пышными, взъерошенными волосами или нелепой прической. Вторая гипотеза — связь с тюркским или кавказским корнем: в осетинском языке «кокой» означает «голубь», а в ряде тюркских наречий «кок» — синий, небесный. В таком случае фамилия могла принадлежать выходцу с Кавказа или из Средней Азии, чье прозвище в русской среде оформилось по местному образцу.

Фамильный суффикс -янин (в родительном падеже Кокоянина) однозначно указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где еще сохранялась живая память о происхождении человека из конкретной местности. Это характерно для северных и центральных областей России, где в XVI–XVII веках активно использовались прозвища-этнохоронимы. Таким образом, предок Кокоянин мог быть переселенцем из деревни Кокоя или получить прозвище за сходство с птицей или за буйный нрав, что закрепилось в его потомках как фамилия.

В отличие от массовых фамилий, Кокоянин почти не встречается в современных справочниках. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или сосредоточенным в одном регионе. Споров о происхождении здесь меньше, чем в других фамилиях: версия с топонимом выглядит наиболее логичной, так как суффикс -янин редко прикрепляется к прозвищу напрямую. Если бы основой было прозвище, скорее получилась бы фамилия Кокоев или Кокоянов. Значит, Кокоянин — это, по всей вероятности, «житель села Кокоя» или «выходец из местности Кокоя».