Фамилия Кокоянина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с особенностью речи или внешности. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать необычный суффикс.

В русских фамилиях суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — отца или матери. Но здесь основа — Кокоя́н — сама по себе не типично славянская. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из языков Кавказа или Закавказья. В армянском, грузинском или тюркских языках компонент «кок» или «коко» может означать «петух» (ср. арм. «какач» — петух, или тюрк. «кок» — синий, небесный, но в диалектах — и «петух»). Вторая часть «ян» — типичный армянский патронимический суффикс («сын такого-то»). Таким образом, Кокоя́н могло означать «сын (или потомок) человека по прозвищу Коко» — то есть того, кого прозвали за голосистость, задиристость или, наоборот, за хриплый голос, напоминающий крик петуха.

Однако окончание -ина в русской записи делает фамилию женской формой (как «Иванова» от «Иванов»). Значит, в документах фамилия могла быть зафиксирована как Кокоянин (мужская) и Кокоянина (женская). Редкий суффикс -ин здесь мог возникнуть при русификации: носитель фамилии Кокоя́н при переезде в русскоязычную среду получил прибавку -ин по аналогии с русскими фамилиями (ср. «армянин» → «Армянинов»). Либо это указывает на принадлежность к роду Кокоя́нов — то есть «из семьи Кокояна».

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах русского Севера «кокоя» — это застенчивый, неловкий человек. Но для фамилии с таким окончанием это менее вероятно, так как суффикс -ян нехарактерен для русских прозвищ.

Географически фамилия Кокоянина встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что подтверждает её кавказские корни. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были армянами или греками, переселившимися из Закавказья, и получили прозвище по голосу или поведению. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям нет — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XIX–XX веках.