Фамилия Кокуева — одна из тех, где этимология упирается в географию. Её основа, Кокуев, почти наверняка связана с посёлком городского типа Кокуй в Сретенском районе Забайкальского края. Этот топоним не случаен: Кокуй основали в начале XVIII века крестьяне, приписанные к Нерчинскому сереброплавильному заводу. Название посёлка, скорее всего, тюркское: от башкирского «кук» («синий») и «уй» («долина, низина»). Выходит, «синяя долина». Предок Кокуевых вполне мог быть выходцем оттуда — такие фамилии, образованные от названия места жительства, в России давали тем, кто переселялся и получал прозвище по родной деревне.

Но есть и другая версия, чисто славянская. Слово «кокуй» в некоторых говорах означало «кокошник» — женский головной убор. Тогда прозвище Кокуй мог получить мастер, который шил или продавал кокошники. Правда, эта гипотеза менее убедительна: фамилии от названий головных уборов встречаются редко, а вот связка с реальным топонимом — обычное дело.

Сама фамилия стоит в женской форме Кокуева. Мужской вариант — Кокуев. Формант -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кокуев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кокуй. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий.

Из известных носителей — Никита Рафаилович Кокуев (1848–1914), российский энтомолог. Он стоял у истоков «Русского Энтомологического Обозрения» и был его первым редактором. Так что фамилия, пусть и редкая, оставила след в науке.