Фамилия Кокуева образована от прозвища Кокуев, которое восходит к названию поселка городского типа — Кокуй — в Сретенском районе Забайкальского края России. Кокуй был основан в начале XVIII века крестьянами, приписанными к Нерчинскому сереброплавильному заводу. Сам топоним восходит к двум тюркским компонентам: «кук», что в переводе с башкирского означает «синий», и «уй» - «долина, низина». Соответственно, буквально название Кокуй переводится как «синяя долина». Вполне возможно, что основатель рода Кокуевых был уроженцем этого населенного пункта. Согласно другой версии, фамилия Кокуева происходит от прозвища Кокуй, которое восходит к аналогичному славянскому слову со значением «кокошник», то есть женский головной убор. В таком случае, можно предположить, что Кокуем прозвали того, кто занимался изготовлением кокошников. Поскольку топонимические фамилии содержали указание не только на принадлежность к конкретной семье, но и на отношение к определенному географическому объекту, то изначально они представляли собой прилагательные с различными формантами. Известным обладателем данной фамилии является Никита Рафаилович Кокуев (1848 — 1914 годы жизни) — российский энтомолог, один из основателей и первый редактор «Русского Энтомологического Обозрения».