Фамилия Кокуев — типичная русская патронимическая фамилия, образованная от прозвища Кокуй с помощью патронимического суффикса -ев (вариант -ов после мягкого согласного). В основе лежит слово «кокуй», которое в русских говорах XIX–XX веков имело целый веер значений, и это делает фамилию неоднозначной.

Самая распространённая версия связывает прозвище с местностью. В разных регионах России существовали и существуют села, урочища и пустоши с названием Кокуй. В народной географической терминологии «кокуй» — это малоплодородный участок с песчаной почвой, островок леса среди поля или перелесок. Человек мог получить прозвище Кокуй, если жил в такой местности или переселился оттуда. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Кокуев особенно часто встречается в тех областях, где слово «кокуй» в топонимическом смысле было в ходу: в Поволжье, на Урале и в Сибири.

Другие значения слова дают альтернативные, хотя и менее вероятные, объяснения. В ряде говоров «кокуй» — это женский головной убор (кокошник), самец кукушки, а также беда, несчастье или даже покойник. Кроме того, так называли праздник Ивана Купала и купальские огни. Вряд ли прозвище давали напрямую «в честь» несчастья или покойника — скорее, оно могло указывать на обстоятельства рождения ребёнка (например, появившегося на свет в день Купалы) или на особенности поведения человека (сравнение с кукушкой).

Вероятнее всего, фамилия Кокуев возникла именно как топонимическая — от названия места жительства. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кокуев буквально означает «сын Кокуя». Со временем прозвище закрепилось как фамилия, и теперь её носители могут быть потомками людей, живших когда-то на песчаном пригорке или у лесного островка, который в народе называли Кокуем.