Фамилия Колдобенко звучит необычно, и её происхождение стоит искать не в громких титулах, а в народной речи и прозвищах. Основа фамилии — слово «колдоба». В южнорусских говорах (особенно курских, орловских, воронежских) так называли кривое, суковатое дерево, корягу, а также грубого, неуклюжего или угрюмого человека. Прозвище Колдоба мог получить человек с тяжёлым характером или, наоборот, внешне похожий на корягу — сутулый, коренастый, с некрасивой фигурой. Украинский суффикс -енко в фамилии Колдобенко указывает на то, что её носитель — потомок человека по прозвищу Колдоба («сын Колдобы»). Эта модель образования фамилий (на -енко) была особенно распространена на левобережной Украине и в прилегающих областях России — на Слобожанщине, в Белгородской и Воронежской губерниях. Таким образом, предки Колдобенко с высокой вероятностью жили в зоне смешения украинского и русского населения, где прозвище Колдоба могло закрепиться за одним из основателей рода. Встречается также вариант с иным ударением — Колдобёнко, что не меняет смысла, а лишь подчёркивает местные диалектные особенности. Другие возможные корни — например, от слова «колдовать» — маловероятны, так как для этого в языке есть более прямые формы (Колдун, Колдунов). Прозвище Колдоба гораздо конкретнее и бытовее, и именно оно лежит в основе этой фамилии.